Действие игры разворачивается вскоре после окончания войны Объединённой Федерации Планет с Доминионом (конец сериала «Глубокий космос 9»), начиная с кампании Федерации. Во время первого задания, игрок управляет силами Звёздного флота, а также капитана Жан-Люка Пикара на борту «Энтерпрайза-E», восстанавливая сектор космоса пострадавший во время войны. Внезапно, из будущего прибывает временной корабль Федерации, преследуемый двумя сферами боргов. После спасения корабля от нападения, с Пикаром связывается Таддеус Демминг, капитан новоявленного корабля «Премонишн» (англ. Premonition — предвидение). Он предупреждает Пикара о грядущем вторжении боргов, желающих ассимилировать Землю. Пикар связывается с Командованием флота для принятия решения. Точка зрения игрока затем смещается на посла Ворфа на борту «Авенджера» (англ. Avenger — мститель), защищая планету ба'ку от вторжения сон'а (см. «Звёздный путь: Восстание»). Затем, Ворфу необходимо путешествовать через туманность, в которой он сталкивается со старым врагом, Торалом. Он узнаёт что Торал намеревается стать канцлером Клингонской империи. Тем временем, «Энтерпрайз» прибывает в сектор космоса только что переживший нападение боргов. Пикару необходимо спасти повреждённые корабли, в то же время отражая волны боргов на ассимилированных кораблях Федерации.
Особенности: +В игре четыре расы: ромуланцы, клингоны, Федерация и борги
Федерация Развед-корабль — «Вентур»; вооружение: 1 импульсный фазер; спец-способность: тахионная сеть обнаружения (засекает невидимые корабли) Эсминец — «Дефайант»; вооружение: 2 импульсных фазера; спец-способность: аннигиляционные мины (магнитные) Артиллерийский крейсер — «Стимраннер»; вооружение: трикобальтовые торпеды; спец-способность: перегрузка двигателей (блокирует двигателя вражеских кораблей вблизи) Крейсер — «Акира»; вооружение: фазеры; спец-способность: пульсар цепной реакции (мощный выстрел поражающий серию вражеских кораблей) Спец-корабль — «Небула»; вооружение: фазеры, квантовые торпеды; спец-способности: блок щитов (блокирует щиты вражеских кораблей вблизи), эффект близнецов (временно создаёт двойника дружественного корабля), оборонные фазеры (уничтожает вражеские торпеды вблизи), инженерные отряды (телепортируются на дружественные корабли, восстанавливая щиты и ускоряя ремонт) Линейный корабль — «Суверин»; вооружение: фазеры, квантовые торпеды; спец-способность: корбомитовый отражатель (отражает вражеский огонь обратно к врагу, не работает против трикобальтовых торпед и импульсного оружия)
Клингоны Развед-корабль — «Нак'Даж»; вооружение: 1 импульсный дисраптор; спец-способность: тахионная сеть обнаружения Эсминец — «Б'Рел»; вооружение: 3 импульсных дисраптора; спец-способности: гравитационные мины (тормозят врага), устройство невидимости (прячет корабль от локаторов и взора, но отключает щиты и оружие) Штурмовой корабль — «Сак'Жах»; вооружение: фотонные торпеды; спец-способность: абордажная команда (запускает капсулу через щиты врага, десантники борются с экипажем корабля за контроль) Крейсер — «Вор'ча»; вооружение: дисрапторы; спец-способности: поларонная торпеда (торпеда проникающая через щиты и отключающая одну из систем врага), устройство невидимости Спец-корабль — «Фек'лар»; вооружение: дисрапторы, фотонные торпеды; спец-способности: боевой клич (увеличивает эффективность дружественных кораблей вблизи), отталкивающая волна (отключает двигателя врага и отталкивает его подальше), ионная буря (временная туманность повреждающая все корабли в ней), распылитель энергии (высасывает энергию у всех врагов вблизи) Линейный корабль — «Нех'Вар»; вооружение: дисрапторы, фотонные торпеды; спец-способность: ионная пушка (мощный заряд наносящий огромный урон врагу) Сверхоружие — «Жах'энг»; вооружение: нет; спец-способность: шоковая волна (уничтожает сам корабль и всё на пути волны)
Ромуланцы Развед-корабль — «Талон»; вооружение: 1 импульсный дисраптор; спец-способности: тахионная сеть обнаружения, устройство невидимости Эсминец — «Шрайк»; вооружение: 2 импульсных дисраптора; спец-способности: ромуланский шпион (телепортирует на борт вражеского корабля или станции агента Тал Шиар), устройство невидимости Артиллерийский крейсер — «Раптор»; вооружение: трикобальтовые торпеды; спец-способности: миотронный ингибитор (блокирует оружие врага вблизи), устройство невидимости Крейсер — «Гриффин»; вооружение: дисрапторы: спец-способности: глушитель сканеров (ослепляет врагов вблизи), устройство невидимости Спец-корабль — «Шадоу»; вооружение: дисрапторы, плазменные торпеды; спец-способности: голопроектор (заставляет врагов стрелять друг в друга), псионный удар (заставляет вражеский экипаж сойти с ума и убивать друг друга), щитовой конвертер (улучшает щиты дружественного корабля), фазовой устройство невидимости (делает корабль невидимым и позволяет проникать через предметы) Линейный корабль — «Боевая птица»; вооружение: дисрапторы, плазменные торпеды; спец-способности: луч щитовой инверсии (крадёт энергию щитов у врага и улучшает свои), устройство невидимости Сверхоружие — «Феникс»; вооружение: нет; спец-способность: генератор разлома (создаёт разрушающий разлом в пространстве-времени, уничтожая всё в округе, включая себя)
Борги Развед-корабль — «Детектор»; вооружение: 1 импульсное энерго-орудие; спец-способность: тахионная сеть обнаружения Эсминец — «Перехватчик»; вооружение: энерго-луч; спец-способность: трансварповый движок (мгновенно перемещает корабль в любую известную точку разведанного космоса) Крейсер — «Ассимилятор»; вооружение: энерго-торпеды; спец-способность: автоассимилятор (ассимилирует членов экипажа врага) Крейсер — «Сфера»; вооружение: энерго-лучи; спец-способность: регенерация (улучшает ремонт) Спец-корабль — «Ромбоид»; вооружение: энерго-лучи, энерго-торпеды; спец-способности: ремодулятор щитов (временно делает щиты дружественного корабля непробиваемыми), перехват компьютера (временно помещает вражеский корабль под контроль боргов), наниты (временно портит интерфейс врага), ультритиевый взрыв (мощный удар по нескольким врагам) Линейный корабль — «Куб»; вооружение: энерго-лучи, энерго-торпеды; спец-способности: луч удерживания (останавливает врага и телепортирует на борт боргов для ассимиляции корабля)
